I funghi si dividono, per ciò che riguarda il sistema adottato per nutrirsi, in tre grandi categorie: i parassiti, i saprofiti e i simbionti.
Parassiti: sono definiti tali, organismi viventi che si sviluppano a spese di altri organismi viventi danneggiandoli. Nella maggior parte dei casi si tratta di funghi che colonizzano specie vegetali, alberi in primo luogo. In questo caso il micelio trae nutrimento dalla degradazione della sostanza organica vivente, conducendo gradualmente alla morte il soggetto colpito anche se di frequente i funghi parassiti si sviluppano su individui già indeboliti per altri motivi. Da sottolineare che alcune specie parassitizzano altri funghi.
Saprofiti: rientrano in questa definizione gli organismi che vivono a spese di materiale organico morto, favorendone la decomposizione. I funghi che appartengono a questa categoria sono assai numerosi. Spesso il micelio colonizza la sostanza organica presente nei primi centimetri di suolo ma altrettanto frequentemente si possono incontrare specie che vivono su substrati assai differenti: legno morto, foglie o aghi, sterco. Alcuni colonizzano esclusivamente un tipo di sostanza organica, ve ne sono altri che si sviluppano esclusivamente su uno specifico substrato, ad esempio sugli strobili (pigne) delle conifere.
Simbionti: si tratta di funghi che instaurano con alcune specie vegetali un rapporto di aiuto reciproco: il micelio fungino, con il suo reticolo, legandosi agli apparati radicali, funge da prolunga favorendo l’assorbimento dell’acqua e delle sostanze nutritive da parte delle piante (in particolare il fosforo); per contro, le piante tramite le radici forniscono al micelio le sostanze che gli servono per svilupparsi. Sono questi certamente gli organismi più complessi e, per certi versi, non ancora del tutto conosciuti. L’unione mutualistica tra fungo e pianta è tecnicamente definita ‘micorriza’.
